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综合人事档案常见纠纷，争议焦点基本上集中在如下几个方面：
1. 档案应当由谁保管，档案是否交接的举证责任由谁承担
实践中，档案通常由用人单位，或者由用人单位委托的中介机构，亦或是个人委托中介机构保管。如下案例主要是用人单位保管档案的情形。在案例2中，用人单位主张档案已经交接给员工，但由于没有证据证明，法院认为用人单位应当承担举证不能的责任。实际上，案例2也提示用人单位，在档案等交接过程中，应当有书面证据。
2.档案丢失，用人单位应当如何承担责任，损失如何界定
根据现行法律以及司法实践，如果用人单位违反妥善保管的法律规定，则应当承担相应的法律责任，具体承担方式包括补办档案、赔偿损失。而是否补办取决于是否可以补办，比如案例1中，法院经过与档案部门核实，发现档案无法补，最终则判决用人单位赔偿损失。档案丢失是否必然导致赔偿损失，还需要界定档案丢失和损失之间知否存在因果关系。比如案例3中，法院认为，虽然胡某档案丢失，但胡某某2011年达到退休年龄后未能正常办理退休手续的主要原因在于，其离开省某工业大队后未曾参加社会养老保险，且其提出的赔偿请求依据不足，故对胡某某要求赔偿的请求，本院不予支持。
哪些机构能保管人事档案？
按国家政策规定，组织、人事部门所属的各级人才交流机构才有资格保存大中专毕业生就业后的人事档案，各种私营民营企业、乡镇企业、中外合资、独资企业都无权管理员工的人事档案，一般由委托的各级人才交流机构托管。毕业生也可以以个人名义委托人才交流机构托管人事关系。另外，各级人才交流机构，如省人才、市人才、各区人才等，它们的区别只是所属部门的不同，其它无任何区别。
提醒大家在档案转递时要注意几点：
1、在没有搞清楚用人单位是否具有人事主管权之前，不要把档案转入这个单位，应该把档案转递到这个单位所在地的人才交流中心去。我们经常碰到一些没有档案管理权的单位在接收档案，个别单位会把学生的档案弄丢了或是扣住不放。
2、要询问清楚用人单位的性质，如果是国家机关、国有事业单位、国有企业，他们或他们的主管单位是有人事管理权的，可以接收档案。其它各类非公企事业单位、各类民营机构是无人事管理权的，要通过人才交流中心来接收学生，学生的档案要放到人才中心去。
3、档案的转递是有规定程序的，在离开学校之前最好弄清楚你的档案在什么时间被转到哪个地方去了。因为在现阶段，主管学生分配的单位没有统一，有人事局、人才交流中心、教育局、专门的分配办等，比较乱。而且档案转进转出比较麻烦，最好一步到位。
根据《大学生档案管理办法》规定，大学生档案管理内容包括：
一、归档材料
1、高中转入材料 2、入团志愿书3、高校招生政审表4、高校招生体检表5、高校报考登记表6、高校学籍卡片7、高校毕业生体检表8、高校毕业生登记表9、高校成绩卡片10、党的积极分子登记表11、入党志愿书12、优秀学生登记表13、单项奖14、处分决定15、学年总结16、就业报到通知书17、大学录取通知书18、体育卡19、品德单20、其它
二、归档时间
1、新生入学注册取得学籍后，由招生办将学生档案转交各院学办。
2、各院学办按录取名单核对无误后，按学号顺序排列移交到档案室，核实后办理相应的移交手续。
3、新生入学后档案未到的，由院学办负责向校招生办索要。本人党、团材料入学时未带者，由本人负责向原学校索取，一学期内归档。档案材料不全的学生，由院学办负责帮助催缴限其在二个月内把所缺材料送到档案室归档。
4、学年总结在每年十月份由各院学办移交到档案室归档。
5、学生的入党材料在其批准转正后的半个月内归档。
6、毕业年级学生的高校毕业生登记表、高校学籍卡片、高校毕业生体检表、高校成绩卡片、体育卡应在院学办整理后，按班级、学号顺序排列，将每名学生的材料放在一起，在 6月25日前由各院学办移交到档案室归档。
毕业生委托人才交流机构人事代理后都享有哪些服务？
（一） 负责人事档案关系接受、调出相关手续；（二） 办理毕业生的转正定级（三） 档案工资的晋级（四） 职称晋升申报（五）办理落户手续；（六） 出具省份证明、落户证明、购房工龄证明、计划生育证明、出国政审等；（七）代收代缴养老保险、失业保险、代办医疗保险手续等。